几十亿年前，希丝娜与莫尔斯夫妇以及众多科学家踏遍星辰大海，最终在地球寻得了能让夸克族重获自愈能力的最后一份材料。经过无数岁月的潜心研究，他们共同创造了磐古。磐古的强大能量不仅为地球带来了蓬勃生机，也让万物在此繁衍生息。然而，莫尔斯执意夺取磐古，希丝娜为守护地球生灵，与他展开了旷日持久的大战。一次又一次的生死交锋中，希丝娜倾尽所有魔法之力，终于击败了莫尔斯。形神俱灭前，她将由雷、风、土、火、水五元素凝聚而成的骑士之石托付给精灵族保管，又将自己的残存之力与磐古一同封印于地心实验室的生命之树中——那棵矗立在她亲手缔造的“萌学园”深处的树。莫尔斯则在大战之后销声匿迹，不知所终。
十七世纪，一颗神秘的黑磁石降临夸克星球，和平共处的夸克族因此分裂为夸克与闇黑两族，奈亚公主亦因闇黑族的崛起而诞生。信念相悖的两族围绕黑磁石展开漫长而惨烈的争斗。最终，闇黑族取得了胜利，而夸克星球自此笼罩在无尽的黑暗之中。幸存的夸克族携带黑磁石来到地球，驻扎在位于平行空间的萌学园——那是先祖希丝娜女神留下的圣地，并以守护地球为己任。
一百多年后，夸克族与闇黑族展开了浩大的黑夸大战，这场战役中，闇黑族的多数分支被封印，仅存的闇黑大帝及其残余势力被逼至地下水道。闇黑大帝寻遍各处得来的作为自己能量来源的海地司、轮回血石、冥月顽石在战役中散落各地，黑磁石重回萌学园手中，仅有塔塔鲁石留在闇黑大帝体内维持其能量不灭。
为防止暗黑族继续壮大而统治宇宙，夸克族连同黑磁石逃到地球成立萌学园，训练后代及命运特别选定的萌骑士与暗黑大帝对抗……
在这片广袤无垠的宇宙中，夸克族与暗黑族的战争早已绵延了千年之久。为了守护这岌岌可危的世界，夸克族在萌学园建立了覆盖四方的严密防线——东西南北萌加上中心萌学园，构筑起抵御暗黑势力的屏障。日复一日，年复一年，这一守护便是数千年。
这一天，五个萌学园的校长联合长老会作出了一个前所未有的决定：从东西南北四校中各选出一名最优秀的学生作为交换生，送往其他学校。然而这次的交换生计划却格外不同——一旦离开，他们将再也无法回到自己的母校。
当其他学校的校长和长老们还在为谁去谁留争论不决时，南萌学园却早已敲定了人选。于是，在某个风平浪静的午后，南萌校长将这名学生唤至校长室。伴随着一串轻快的脚步声，那名学生推门而入，脸上带着熟悉的随性笑容，完全不把所谓的“校长”身份放在眼里。他径直走向沙发，随意地坐了下来，仿佛这里是自己家一般自然。一头乌黑短发间夹杂着一抹紫色刘海，鼻梁上架着方框黑眼镜，手中的魔术方块仍在不停转动。他低垂着头，似乎对周围的一切毫无察觉，只专注于指尖的变幻……
“校长，找我有事吗？”
“谜亚星啊，最近……最近……”
“（开门见山）校长，既然已经做了决定，就没必要吞吞吐吐的了，我早就知道了。告示上说每个学校要选出一名学生，去其他学校进行永久性的交换。而在这个时候你把我叫过来，是不是就证明了，你准备抛弃我了？”
“谜亚星啊（校长似乎还有些怕谜亚星一样，听到谜亚星这样说，还有些不好意思的样子，南萌校长搓着手站起来，走到谜亚星身边坐下）既然你都知道了，那我就不拐弯抹角的了。没错，这次呢，五所学校之间交换学生，也是规定，交换的这个学生，一定要是各自学校里面最聪明的，最优秀的，所以……”
“（一抬眼）所以你就看准我了？”
“我……”
看着校长纠结的神情，谜亚星轻轻叹了口气。尽管在南萌的日子漫长得几乎令人遗忘时间的流逝，可真正称得上朋友的人却寥寥无几。然而，这位南萌校长始终待他如己出，关怀备至。如今即将告别，纵使他内心波澜难平，依旧强压下满腔失落。多年的历练已让他学会将情绪深埋心底。他并未抬头去看校长一眼，只是低头专注地拼着手中的魔方，一块块彩色的方格在他指尖悄然旋转，仿佛试图填补胸腔里那片无声的空缺。
“校长，我明白你的苦心。虽然你一直不告诉我，可是我知道，终究我会有离开南萌的这一天。其他的也就不用说了。那我……我去哪个学校？”
“你……你去……萌学园。”
“萌学园？（谜亚星停下手中还差最后一步就拼完了的魔术方块，饶有兴趣的看着南萌校长）是那个地下水道封印了暗黑大帝的萌学园？”
“没错。这次决定交换的学生一定要够聪明，够勇敢，能担当的起大事。萌学园一直以来都很危险，所以对于要去萌学园的人，我们都很矛盾，犹豫再三之后，我们所有长老一致认为还是只有你能胜任这个任务，可是如果你去萌学园，会遇到什么事情我们也不知道，会发生什么我们也不知道，这毕竟不是小事，所以我把你找来，想问一下你的意见，听听你的想法，这个……”
“我去！”
“啊？”